La búsqueda se divide en tres fases. La Fase 1 inicia con la noticia, denuncia o reporte de la desaparición, lo que activa el Protocolo ALBA y la orden del o la Agente del Ministerio Público a agentes de Investigación Criminal de realizar una investigación exhaustiva y acciones coordinadas interinstitucionales.
A partir de las 24 horas sin resultados positivos a partir del inicio de la carpeta de investigación, se da paso a la Fase 2, que abarca hasta las 72 horas de iniciada la capeta de investigación.
En esta etapa, el o la Agente del Ministerio Público debe fortalecer las líneas de búsqueda e investigación a través de diversas acciones, solicitar si es necesario colaboración a la Fiscalía General de la República en auxilio de alertas internacionales e intercambio de información con otras fiscalías estatales.
A la Comisión Nacional de Búsqueda se solicita su colaboración para verificar si se encuentra domicilios de familiares de la niña, adolescente o mujer desaparecida que residan en otros estados del país.
Durante esta Fase se solicita a las corporaciones de policía y a cualquier autoridad que haya participado en la Fase Uno, que continúen con las acciones de búsqueda hasta la culminación de la Fase Dos. Además, se realizan reuniones periódicas y seguimiento al plan de investigación, con base a la información recabada e incluyendo la que aporten las víctimas indirectas.
De igual forma, se debe informar a la familia de la víctima y a sus representantes, siempre que lo soliciten, los avances de las líneas de investigación y búsqueda.
La Fase Tres comprende las acciones de búsqueda e investigación a partir de 72 horas de iniciada la Carpeta de Investigación y hasta la localización de la niña, adolescente o mujer desaparecida.
Dentro de las acciones de la o el Agente del Ministerio Público, está revisar las acciones realizadas en las dos fases anteriores, a fin de definir estrategias de seguimiento y nuevas líneas de investigación con la información recabada.
Además de las reuniones periódicas con familiares o víctimas indirectas, la protección de vida e integridad de víctimas indirectas y testigos y actualizar el análisis de información, se ordena la obtención de muestras biológicas a partir del consentimiento informado de las víctimas indirectas.
Se da paso al procesamiento de muestras biológicas y el ingreso de los resultados del laboratorio de genética y la información, al sistema de los correspondientes bancos de perfiles genéticos para futuras consultas.
De igual forma, ordena informes periódicos de avance de investigación a las y los agentes de Investigación Criminal.